RSUD dr. H. Slamet Martodirdjo Pamekasan telah melakukan kegiatan pengelolaan limbah berdasarkan bentuk dan sifat dari limbahnya. Pengelolaan limbah medis padat dilakukan dengan cara thermal treatment. Saat ini RSSMART telah memiliki unit incinerator dengan kapasitas 400 kg. Incinerator ini sudah memiliki izin pengolahan LB3 dari Kementerian Lingkungan Hidup Republik Indonesia.
Pengelolaan limbah padat non medis, RSSMART telah bekerja sama dengan Dinas Kebersihan Lingkungan Hidup yang setiap hari mengambil limbah di TPS RSSMART untuk diangkut ke TPA Angsanah.
Sedangkan untuk pengelolaan limbah cair yakni semua air buangan termasuk tinja yang berasal dari kegiatan rumah sakit diolah dalam instalasi pengolahan air limbah. Instalasi pengolahan air limbah RSSMART berdasarkan izin dari Badan Lingkungan Hidup Kota Pamekasan berkapasitas 450 m3 perhari.
Dalam rangka melindungi lingkungan dari kegiatan rumah sakit, RSSMART secara periodik memeriksakan standard kualitas air limbah pada laboratorium yang sudah terakreditasi sebulan sekali dan melaporkan hasilnya kepada Pemerintah setiap tiga bulan sekali bersamaan dengan pelaporan limbah bahan berbahaya dan beracun.